Od zavedení kategorií účetních jednotek vzniká při fúzích praktický problém, jaké kategorie bude nástupnická společnost v případě, kdy v důsledku fúze dojde například ke sloučení mikro a střední nebo velké účetní jednotky, přičemž zúčastněná mikro účetní jednotka se stane nástupnickou společností. Kategorie účetní jednotky je mimo jiné určující pro povinnost ověření účetní závěrky auditorem, což je zase určující pro lhůtu pro podání daňového přiznání k dani z příjmů. Odbor Regulace a metodika účetnictví MF odpověděl na metodický dotaz KAČR, že je třeba vzít v úvahu “skutečnou” velikost nástupnické účetní jednotky a nevolit formalistický přístup. Více v dotazu a odpovědi umístěných na stránkách KAČR.